V září 2012 vláda České republiky schválila akční plán pro biomasu v České republice na období 2012 až 2020, ve které se mimo jiné stanovuje optimální mix plodin pro zajištění suroviny na výrobu biopaliv a uvádí se scénář pro případ, že ve střednědobém horizontu stát výrazně podpoří využití lihu na trhu kapalných biopaliv. V říjnu 2012 vláda České republiky vydala nařízení o kritériích udržitelnosti biopaliv s účinností od listopadu 2012, ve kterém mimo jiné stanovuje minimální úsporu emisí skleníkových plynů při používání biopaliv.

V listopadu 2012 vláda České republiky schválila aktualizaci Národního akčního plánu České republiky pro energii z obnovitelných zdrojů. V preambuli tohoto vládou schváleného dokumentu se mimo jiné uvádí - a znovu opakuji, to byla vláda stávající koalice - zpracovaný Národní akční plán České republiky pro energii z obnovitelných zdrojů, dále jen Národní akční plán, navrhuje v roce 2020 dosažení 14% podílu energie z obnovitelných zdrojů na hrubé konečné spotřebě energie a 10,8% podílu energie z obnovitelných zdrojů na hrubé konečné spotřebě v dopravě.

V závěru tohoto dokumentu se pak uvádí řada vhodných budoucích opatření ze strany státu pro dosažení povinného minimálně 10% podílu obnovitelných zdrojů v dopravě v roce 2020. Mezi ně patří: vypracovat reálnou koncepci uplatňování biopaliv v České republice jako alternativních motorových paliv z obnovitelných zdrojů v dopravě až do roku 2020; přehodnotit další možnosti využití biopaliv pro pohon, a to zejména širší využití jak čistých biopaliv, tak i vysokoprocentních biopalivových směsí především v oblasti zemědělství, stavebnictví, těžařství či u dopravních podniků; vytvořit ze strany státu podmínky pro uplatňování biopaliv srovnatelné s podmínkami pro stlačený zemní plyn pro dopravní účely; vytvořit ze strany státu podmínky pro rychlejší obměnu stávajícího vozového parku v České republice, zejména z hlediska podpory výroby a dovozu nových vozidel na alternativní paliva vyráběná z biomasy; vypracovat potřebnou legislativu jako oporu pro realizaci navrhovaných opatření - nový zákon o ochraně ovzduší, novela zákona o spotřebních daních, legislativní ošetření podpory perspektivní produkce a použití biopaliv druhé a třetí generace.

Na konci roku 2013 za doby úřednické vlády Jiřího Rusnoka Česká republika na jednání Rady Evropské komise pro energetiku podpořila kompromisní návrh obsahující mimo jiné i omezení využívání biopaliv vyrobených z potravinářské biomasy, a řešil i problematiku podpory takzvaných pokročilých biopaliv. Tento kompromisní návrh však nebyl celkově přijat.

V srpnu 2014 vláda České republiky schválila Víceletý program podpory dalšího uplatnění udržitelných biopaliv v dopravě na období let 2015 až 2020. Program ponechává povinnost postupně snižovat emise skleníkových plynů z pohonných hmot a povinnost splnění 10 % energetického obsahu biopaliv a obnovitelné elektřiny na celkové spotřebě energie v dopravě do konce roku 2020 v souladu s evropskou legislativou. V textu programu se u čistých biopaliv a u vysokoprocentních směsí biopaliv s fosilními palivy buď ponechává současná daňová podpora, nebo se navrhuje tuto daňovou podporu snížit. V textu programu se také vyslovuje nezbytnost zcela osvobodit od spotřební daně moderní biopaliva, biopaliva druhé a třetí generace - ale ta neexistují, nejsou, každý o nich mluví, nikdo je nikdy neviděl. - V závěru textu programu se uvádí: tyto navržené, respektive schválené a notifikované podpory budou každoročně přezkoumány, zda nevykazují překompenzaci.

V únoru 2015 vláda České republiky předložila Poslanecké sněmovně návrh zákona, kterým se mění zákon o spotřební dani a další zákony s cílem implementovat vládou schválený víceletý program. Předmětem vládního návrhu je ponechat minimální podíly biopaliv v nízkoprocentních směsích - motorový benzin, respektive motorová nafta, snížit daňové zvýhodnění čistých biopaliv a vysokoprocentních směsí biopaliv s fosilními palivy, zpřísnit povinnost dodavatelů pohonných hmot ve vztahu k používání biopaliv v pohonných hmotách a zavést sledování plnění jejich povinností v průběhu kalendářního roku.

Konkrétněji, vládní návrh zákona snižuje daňové zvýhodnění pohonných hmot SMN B30 zvýšením jejich spotřební daně ze současné hodnoty 7,66 koruny na litr na 8,41 - SMN B30 je zde směsná motorová nafta s metylestery řepkového oleje, kde podíl metylesteru ve směsi činí nejméně 30 % objemu; snižuje daňové zvýhodnění pohonných hmot B100 zvýšením faktického odvodu daně ze současných nula korun na litr na 1,80 koruny na litr - B100 jsou čisté metylestery mastných kyselin; zrušuje daňové zvýhodnění etylesterů mastných kyselin; snižuje daňové zvýhodnění rostlinných olejů určených k pohonu motorů zvýšením faktického odvodu daně ze současných nula korun na litr na korun 18 na litr; ponechává stávající úplné osvobození od spotřební daně u bioplynu, v kapalném nebo v plynném stavu, určeného k pohonu motorů, ponechává stávající možnost úplného osvobození od spotřební daně u biopaliv druhé generace; ponechává stávající možnost úplného osvobození od spotřební daně u pohonných hmot E95 a snižuje daňové zvýhodnění u pohonných hmot E85 ze současných 12,84 koruny na litr biolihu obsaženého v E85 na 11,31 koruny na litr biolihu obsaženého v E85.

Mimoto vládní návrh stanovuje povinnost složit na zvláštní účet celního úřadu jistotu odpovídající množství nedodaného biopaliva, což má podle důvodové zprávy významným způsobem přispět ke snížení výše případného nedoplatku na pokutách za neuvedení minimálního množství biopaliva do volného daňového oběhu uložených dodavatelům pohonných hmot, kteří zákonem stanovenou povinnost nesplnili. V důvodové zprávě předloženého vládního návrhu se k celkovému dopadu navržených úprav na veřejné rozpočty uvádí doslova - strana 17: Náklady navrhované úpravy jsou spojeny s nižším inkasem ze spotřební daně. Celkový kumulovaný negativní dopad - 2015 až 2020 - této varianty do veřejných rozpočtů z titulu nevybrané spotřební daně by měl být podle programu a navazujících výpočtů cca 9 miliard. Z toho 8,2 miliardy by mělo činit nižší inkaso státního rozpočtu, a 820 milionů nižší inkaso Státního fondu dopravní infrastruktury. Program na druhou stranu implikuje výrazně pozitivní vliv na zaměstnanost a následné odvody do veřejných rozpočtů. Tato varianta má vést k vytvoření cca 14 tisíc nových pracovních míst a během programu do rozpočtů přinést 14,6 až 16,2 miliardy korun. Celkový kumulovaný vliv na veřejné rozpočty by tedy v letech 2015 až 2020 měl být podle programu pozitivní ve výši 5,6 až 7,2 miliardy.

Vládní návrh zákona dále ponechává stávající povinnost dodavatelů pohonných hmot za kalendářní rok zajistit minimální množství biopaliva až do výše 4,1 % objemových z celkového množství motorových benzinů přimíchávaných do motorových benzinů a ve výši 6 % objemových z celkového množství motorové nafty přimíchaných do motorové nafty. Nově však dodavatel pohonných hmot může právě uvedenou povinnost pouze do 1,2 % objemových z celkového množství motorových benzinů přimíchaných do motorových benzinů nebo pouze do 1,8 % objemových z celkového množství motorové nafty přimíchávaných do motorové nafty splnit i uvedením čistého biopaliva nebo vysokoprocentní směsi biopaliva s fosilními palivy do volného daňového oběhu na území České republiky pro dopravní účely.

Poznamenejme, že v dosud platné úpravě toto omezení do 1,2 %, resp. do 1,8, není, a tedy v současné době může dodavatel pohonných hmot splnit svoji povinnost stran minimálních podílů biopaliv v motorovém benzinu, respektive v motorové naftě, i uvedením čistého biopaliva nebo vysokoprocentní směsi biopaliva s fosilními palivy do oběhu, a to právě v rozsahu daném minimálními podíly biopaliv 4,1 %, respektive 6 % objemových.

K navrženému omezení uvádět do oběhu čistá biopaliva a vysokoprocentní směsi biopaliv s fosilními palivy se v důvodové zprávě k vládnímu návrhu zákona uvádí: Na základě poznatků z praxe bylo identifikováno, že nadměrné využívání těchto paliv vede k deformaci trhu s pohonnými hmotami, kdy podstatná část běžných pohonných hmot, které by měly obsahovat určitou menší část biosložky, tuto biosložku neobsahuje. Vzhledem k tomu, že biopaliva určená k použití, nabízená k prodeji nebo používaná pro pohon motorů jsou osvobozena od spotřební daně, zatímco běžné pohonné hmoty obsahující určité množství biosložky spotřební dani podléhají, přichází výše popsaným postupem stát o spotřební daň, kterou by dodavatel pohonných hmot musel zaplatit v případě, že by povinnost dle odstavce 1 plnil prostřednictvím běžných paliv obsahujících biosložku v objemu dle norem ČSN-EN. ***