Svobodníci byli považováni za berní jednotky jako města nebo patrimonia. Přiznávací listy i berní peníze posílali přímo nejvyšším nebo krajským berníkům. Při přechodu k berni domovní byli postiženi berní ve výši 1 čes. kopy, tedy třikrát tolik jako poddaný a o pětinu méně než měšťan. To byla sazba patrně přiměřená. Šlechta však odvolala ji již r. 1572 a usnesla pro svobodníky znovu daň podle odhadu majetku, ve výši 2¹/₇ kopy z každého sta kop, jež později byla zaměněna daní o sazbě poloviční, tedy sazbou, kterou svobodníci platívali již dříve. Tato berně byla mnohem vyšší berně domovní. Svobodníci byli od té doby jediní v Čechách, kdo platili berni podle odhadu jmění. Teprve r. 1595, tedy již v období nové turecké války, byli postiženi z titulu sbírek na defensi, znovu daní domovní, kterou nyní měli platit spolu s berní ze jmění.

Faráři byli zdaněni v období 1567-92 jako měšťané, byli-li v městech královských, nebo jako poddaní, byli-li na patrimoniích. Radnice nebo patrimoniální kanceláře byly pro ně také první berní instancí. V sazbách berně se však někdy odchylovali. Tak v letech 1567 a 1568 platili jen po 20 gr. č., potom do r. 1572 po celé kopě a do r. 1582 po půl kopě české. Od té doby berní neplatili až do vypuknutí války r. 1593. Tehdy r. 1595 zdaněni byli však 2¹/₂ čes. Kopou [Gindely: l. c. s. 121].

České židy za vlády krále Ferdinanda I. postihlo vyhnanství. Když po několika letech byla zase židovská diaspora obnovena, náleželi úplně pod pravomoc České komory a jí byli také zatěžováni mimořádnými příspěvky vedle své komorní činže, kterou odváděli králi. Znenáhla se však šířili zase i na statky šlechtické, takže obnovovala se situace, jaká byla na počátku vlády Ferdinandovy. Ačkoliv čeští stavové v teorii uznávali zásadu, že židé jsou "servi camerae", od r. 1567 se jí zase neřídili a židy přitáhli také ve zdanění zemské.

Zatím co ostatní poplatníci měli platiti daň ze svých domů, postihl sněm židy v Praze a v ostatních královských městech daní z hlavy a sice 10 gr. č. z každého mladíka mezi 10.-20. rokem a 24 gr. č. z žida dospělého. Sněmovní články neobsahují bližšího určení, kterak měla být tato daň vybírána, pouze ustanovují, že má býti odváděna nejvyšším berníkům, tedy orgánu stavovskému a nikoliv České komoře [SČ. III. ]. Židé panští měli však platiti pouze domovní berni jako ostatní poddaní. Generální sněm let 1569/70 provedl znamenitou změnu v organisaci - a také výši - židovské berně. Daň z hlavy byla rozšířena na všechny židy i panské a židovští starší v staropražském ghetu byli pověřeni její organisací. Byla však současně několikanásobně zvýšena. Mužská mládež měla místo deseti grošů čes. platiti ročně 45 čes. grošů (uherský zl.), dospělí židé místo 24 gr. č. 90 gr. č. neboli 1¹/₂ kopy č., tedy zvýšení o 350% a nikoliv jak Placht praví, zdvojnásobení [SČ. III-: O. Placht: České daně s. 140].

Židovští starší, ačkoliv hned se ohrazovali proti novému úkolu [A M V. St. manip. S 15/6, fol. 108], byli povinni provésti v královských městech i na panstvích soupis všech židů obou věkových kategorií, rozděliti je podle toho, žijí-li v král. městech, v panských městech, městečkách či jen na vesnicích, zjistiti, kolik jich žije v kterém místě a podle těchto zjištění pak dáti jim výzvy k placení. Zaplacené peníze neměli odváděti pražskému berničnému úřadu, nýbrž přímo nejv. berníkům. Každý podvod židovských berníků měl býti trestán jako zločin. Berníci byli nuceni složiti nejv. berníkům přísahu, ačkoliv dlouho se jí z náboženských důvodů bránili.

Pražští židovští starší narazili ovšem na nepřekonatelný odpor šlechtických vrchností, které podobně jako v letech 1527-30 odmítaly s nimi jakýkoliv styk a svým židům zakazovaly cokoliv vypovídati, čímž se ti ovšem velmi rádi řídni. Snahy pražských starších o soupis zůstávaly bezvýsledné. Teprve na jaře 1573 vláda obracela se ke všem stavům král. Českého s důtklivou výzvou, aby své židy skutečně přidrželi k placení berně, kterou již za čtyři léta dluhují [A M V. St. manip. S 15/6, fol. 103]. Později ještě volili židovští starší za svého pomocníka král. komoru, která v květnu 1574 rozeslala řadu dopisů českým pánům a rytířům, "aby své židy k řádnému placení berně z hlavy a k zachování rovnosti, tak aby bohatší chudšího zastoupil, přidrželi" [Ibid. fol. 100-103]. Takové dopisy doručeny byly: Kryštofu Lobkovicovi za židy v Tachově, Janu Erazimu ze Švamberka za židy v Boru, Prokopu Čabelickému o židy v Týně n. Vit., Voldřichu Skuhrovskému o židy votické, Petru Vokovi z Rožmberka o bechyňské, Janovi Říčanovi o židy v Kosové Hoře, Hendrychu Hasištejnskému o židy v Údlicích, Hendrychu Šlikovi o židy v Pomejzlu, Lukrecii Šlikové o kynšperské a hroznětínské, Mikuláši Ševentyngarovi o židy v Chodové Plané, dále městu Lokti, Pelhřimovu, Kolínu, Bečovu a Bydžovu, všem komorním hejtmanům, Jaroslavu Smiřickému o židy v Hořicích, Hedvice Smiřické o židy v Náchodě a nejv. kancléři o židy v Litomyšli.

Pro odpor vrchností však soupis židů stále nebyl úplný. Ještě 1. října 1576 rozeslal král patent všem stavům království Českého, "aby židovské starší pražské nebo jejich posly, kteří se k nim dostaví, aby jejich židy stran berně vyšetřili a soupis jejich provedli, jakož i počet berně s nimi vrchnostmi učinili, slušně přijali a židy své povolali k pořádnému s nimi činění oučtu" [A M V. St. manip. S 15/6, fol. 98]. Koncem roku, vzhledem k velikým restům židovských berní, musili židovští starší předložiti svá registra k nahlédnutí nejv. berníkům zemským.

Židovští starší spravovali však od r. 1570 nejen berni z hlav, ale také všechny berně nepřímé, jež souvisely s obnovením třicátku v letech 1570-1573. K jejich vybírání ustanovovali výběrčí, podobně jako konšelští berníci v městech královských, s nimiž pak měsíčně nebo čtvrtletně vyúčtovávali. Také v této funkci skládali přísahu králi [přísaha zněla: "Přísaháme pánu Bohu živému, kterýž stvořil nebe i zemi, moře i všecky věci, přísaháme skrze všecka jména svatá Jeho, kderáž napsal Mojžíš služebník jeho, přísaháme skrze paterý knihy Mojžíšovy, v nichž jest napsáno desatero přikázání Jeho, kteráž jest sám pán Bůh svou pravou rukou napsal a mně křivě přísahati zapověděl a nejjasnějšímu a nejnepřemoženějšímu knížeti a pánu N. N. podle sněmovního snesení léta jminulého N. k vyhledávání mezi námi židy, co se zlatohlavův a stříbrohlavův atd. též sobolův, rysův, dotýče, s pilností bedlivě vyhledávati a dohlídati, aby to od osob k tomu zřízených opatřeno a pošacováno bylo, to kus od kusu v pořádné poznamenání uvésti do ungeltu, jakž ouředníkům J. Mti cís. tak i k tomu zřízeným osobám a výběrčím oznamovati a v tom se pravě a neporušitedlně chovati chceme. Toho nám dopomáhej pán Bůh, kterýž souditi má nás a veškeren svět skrze oheň." - Autorem přísahy byl - jak z indorsátu je patrno - Rabi Zachariáš Vokatý a sekretář jeho Lev syn Chajma Touška]. Židovští výběrčí měli mnoho práce, měli-li sledovati všechny způsoby, jimiž se jejich souvěrci vyhýbali ve všestranném svém obchodování placení třicátku. Zlým příkladem židovským kramářům a klenotníkům bylo zejména stejně očividné uhýbání dvorských dodavatelů a řemeslníků. Čes. komora byla často nucena vystupovati proti obojím.

Židovská berní samospráva platila i pro nepřímé daně (sbírky) v letech 1587-1591, kdy Čes. komora dbala zejména na odvádění 10% z tržby za přepychové předměty, jejichž obchod nacházel se převahou právě v židovských rukou, ačkoliv v té době stavové vzdali se přímých židovských berní, takže zemských daní židé neplatili. Stalo se tak r. 1588 [A. Gindely: l. c. Tabella III.].

Na jaře r. 1583 dostali se židovští starší do nebezpečného podezření, že vysoké nedoplatky židovské berně jsou následky nikoliv špatného placení, nýbrž defraudaci zaplacené už berně se strany samých starších. Sedmého března 1583 vyzval král rady České komory, aby dali svolati celou obec pražského židovstva, za jejíž přítomnosti by Mikuláš Skalský a Pavel Šturm provedli revisi všech register za léta 1570 až 1581 [A M V. St. manip. S 15/6, fol. 83]. Židovští berníci, pokud byli živi, měli se osobně dostavit s registry, přiznávacími listy a jinými "průvody, které k činění počtu berně z hlavy sou", načež každý žid měl být pod přísahou dotázán, zda skutečně pouze tolik složil, či více. Král dokonce nevěřil ani v správnost katastru pražských židovských poplatníků a nařizoval, aby Čes. komora dala poříditi nový, v němž by bylo zapsáno všechno pražské židovstvo mužského pohlaví. Naleznou-li se podvody se strany starších, má následovati nejen pokuta, ale také vyhnání ze země. Zdá se, že panovník jednal na podkladě přímého udání. Aféra měla nejasné pozadí a nechuť České komory k uskutečnění nařizované komise jest více než podezřelá. Pokud jsem mohl zjistiti, nedošlo k ní ani do tří let, až se patrně po zrušení židovské berní autonomie r. 1588 na ni zapomnělo.

V letech, kdy stavové pustili židy ze své pravomoci, platili prý všichni dohromady do České komory 1400 míš. kop ročně a sice tisíc kop z titulu komorní činže a čtyři sta na místě domovní berně ostatních poplatníků [O. Placht: l. c. 141]. Do berně zemské byli vtaženi znovu teprve při vypuknutí turecké války r. 1593.