Agenda spojená s vymáháním berních nedoplatků byla podstatnou složkou berničné správy. Zaměstnávala trvale úřad nejvyšších berníků, jenž berní resty vypočítával, Českou komoru, která nad nimi bděla a na jejich vymáhání naléhala, Českou kancelář, odkudž jménem královým nebo nejv. purkrabí byly rozesílány upomínky a posléze úřad Desk zemských, k němuž činěny byly nejvyššími berníky relace o exekuční vymáhání berně a který vysílal některého ze svých komorníků, aby se ujal dlužníkova statku až do zaplacení berně, případně statek prodal, jestliže dlužník na ujetí nic nedal a berně dále neplatil. A v případě, že by se dlužník komorníku vzepřel násilím a jeho v držení statku ne vpustil, přicházel k slovu nejvyšší purkrabí, jenž jako hlava zemské vlády vydal proti dlužníku list obranný, jímž vyhlásil ho za odbojníka proti právu zemskému, což byl ovšem zločin hrdelní.

Zásady tohoto postupu vypracovány byly - jak jsme výše viděli - již v době jagellovské, v artykulech sněmu r. 1522, které zůstávaly sice základem berničného práva, ale přece v jednotlivostech byly měněny nebo doplňovány. Tak r. 1542 přibylo tvrdé ustanovení o braní movitostí poddaného lidu v zástavu za dluhující vrchnost a to i tehdy, když již poddaní své berní platy vrchnosti odvedli [SČ. I]. R. 1546 stiženo těžkou pokutou nepodáni přiznávacího listu. Artykuly ustanovovaly, že ten, kdo včas přiznání neučiní, má býti z nepřiznaného stižen trojnásobnou berní jako pokutou [SČ. II.]. Bartolomějský sněm r. 1547 nepřipojil nic k článkům o vedení berní exekuce, pouze zdůraznil, aby nejvyšší berníci minulých berní "podle předešlých pokut k jednomu každému se zachovali a takových berní na týchž osobách bez odtahuov dobývali, kteréžkoliv zadržány jsou."

Také taxy za úřední výkony při exekučním vymáhání berně nebyly stále stejné. Artykuly r. 1522 znaly sazbu 10 gr. č. za vystavení listu obranného nebo zatykače a vydržování komorníka po celou dobu jeho úřední činnosti až do návratu k Deskám zemským. Sněm r. 1542 podržel sice sazbu na vystavění zatykače, ale stanovil další taxu za zatčení, totiž 15 gr. č. Také z vyslání komorníka měl míti úřad Desk zemských příjem a proto kromě vydržování komorníka na úřední cestě, musili nejv. berníci složiti úřadu Deskovému vždy ještě 22 gr. č. jako poplatek.

Roku 1544 byly sazby novelisovány. Především musili berníci platit za relaci o vyslání komorníka 4 gr. č. V případě kladného vyřízení neměli však paušálně složiti 22 gr. č., nýbrž jen takovou taxu, jaká náležela za půhon do příslušného kraje. Za obranný list, ať od úřadu nejv. purkrabí, ať od Desk zemských, ustanovena byla taxa 22 gr. č. a za zatykač 15 gr. č. (místo deseti), ale výnos její příslušel pouze "písařuom, kteříž též listy obranné i zatykače vydávají a píší." Další taxa za zatčení, ustanovená r. 1542 byla podržena [SČ. I.]. Sněm r. 1536 zase snížil sazbu za zatykač na 10 gr. [SČ. II.]. R. 1552 vrátili se stavové ve všech ustanoveních o exekučním řízení berním k usnesením z r. 1544 včetně tax [SČ. II.].

Sněm r. 1557 snížil úřední sazby radikálně, ustanovuje o podmínkách dání listu obranného toto: "Pakli by kdo listu přiznávacího berníkuom nedal, ani prvního dílu berně, ani se v moc nejv. p. purkrabí nepostavil a statek pozemský, dědičný, zápisný neb manský měl, na takového každého list obranní týmž berníkuom od Desk zemských vydán býti má, kterýmž se v statek takového každého, kdož by se nepřiznal a se nepostavil, uvázati mají. Neměl-li kdo statku pozemského, než toliko na listech, na takového každého list zatykači týmž berníkuom vydán býti má. A od takových listů obranních nemá býti dáváno víc nežli pět gr. č. a na holomka 15 gr. a puovodu, kterýž s týmiž listy obranními puojde, od míle po puoldruhém groši českém. A listové zatykači mají vydáváni býti od úřadu purkrabstvie pražského a od těch tolikéž po pěti gr. čes. dáváno býti má" [SČ. II..

V r. 1561 bylo opět nutno novelisovati předpisy o berní exekuci. Zatím totiž se vyskytly případy, že nebylo lze nalézti mezi stavy kupců ochotných exekvované zboží koupiti nebo správců, kteří by je vedli v prospěch nejv. úřadu berničného [Srv. V. Pešák v Sb. A M V. III. 178]. Tomu mělo čeliti rozšíření pravomoci komorníkovy, jenž měl napříště tak dlouho exekvované zboží držeti a spravovati, "dokudž by kteréhokoliv dílu nadepsané berně (buď jeho samého nebo od lidí jeho) z téhož statku a duochoduov všech nevybrali, aneb svrchkuov a nábytkuov za touž sumu neuprodali, což by na něj této berně a pomoci dáti se dostalo i se všemi škodami a náklady na to vynaloženými." Bezzemky měli stíhati nejvyšší berníci vyžádáním listu zatýkacího, po němž do čtrnácti dní musilo následovati zatčení [SČ. III.]. Snížení úředních tax z r. 1557 bylo však zlikvidováno: za obranný a zatykači list, za vyslání komorníka a za zatčení byla stanovena jednotná sazba, totiž po 15 gr. č. Taxa za oba druhy listů však příslušela jejich písařům.

Když koncem platnosti odhadové berně rozmohlo se měrou netušenou její zadržování a exekuční vymáhání setkávalo se s častějším odporem, ustanovil sněm r. 1565, že ujetí statku dlužníkova musí se díti významněji než dosud. Především měl býti při něm "pokud možno" přítomen aspoň jeden z nejvyšších berníků a kdyby přítomen býti nemohl, měl místo sebe poslati za "původa" jinou osobu panskou nebo rytířskou. Kromě ní měli být obesláni také oba krajští hejtmane nebo aspoň jeden. Původ měl míti moc hned na místě bez dalšího prodlévání (dříve bylo k tomu třeba čtrnácti dní) příslušný statek prodati nebo zastaviti až do výše dlužné berně a všech nákladů s exekucí spojených. "A což by tak prodáno neb zastaveno bylo, má ten, kdo koupil neb na to puojčil, rok pořád užívati a držeti a při vyjití toho roku dvě neděle potom, bude-li chtíti ten, číž statek jest, zase sobě moci vyplatiti, dada tomu, kdož jest na to puojčil nebo koupil, touž sumu zouplna; vyberouc užitky toho statku, bude ten nucen hned toho jemu zase postoupiti."

Bezzemci měli býti stiženi jako vždy dříve zatčením, "... kdo by ale zoumyslně seděti chtěl a s berní prodléval, tehdy kdež by se toho nejvyšší berníci doptati mohli, za kým peníze na úrocích má, jestli úroci toho času přišlí budou postačiti, pakli nic, tehdy z sumy jeho tu berni i s škodami a náklady zaplatiti a potom věřitel povinen jest jemu na sumě to vyraziti" [SČ. III.3].

Ani tu nešlo o ustanovení zcela nové. Již v jagellovské době znalo berničné právo opatření, jež znamenalo odnětí práva k věcem movitým, tedy také k jistinám a dlužním (hlavním) listům. Měl-li ten, kdo byl berni dlužen, sám peníze na úrocích, mohli berníci, majíce úkazní listinu od D. Z., znějící na zmíněného dlužníka, "hledět k tomu, kdož onu věc za sebou měl, to jest, právo toho, jenž byl berni dlužen, převésti na sebe a žádati zaplacení úroků, po případě i splacení kapitálu pro sebe, arci jen do sumy dlužné berně" [Dr. Č. Klier v ČČM. 1907, s. 245].

Pokračující členění exekučních předpisů svědčí o nepochybném zdokonalování berní správy, ale současně i o úpadku berní morálky, jenž byl způsobován rostoucím odporem šlechtických vrstev proti zdaňování jejich přímého jmění, a posléze vedl k pádu celého systému berně ze jmění. Exekuční vymáhání dlužné berně bylo však jen opatřením z nouze, když selhaly kroky mírnější. Prvním stupněm byla upomínka, kterou dlužníku zaslal nejvyšší purkrabí buď vlastním jménem nebo jménem královým, hroze nemilostí královskou. Významnějším nebo někdy také jen tvrdším dlužníkům šla upomínka podepsaná samým králem a od čtyřicátých let vydávali vlastní upomínky také sami nejvyšší berníci [A M V. v Praze St. manip. S 15/14-I. 1544 čtvrtek před Stol. sv. Petra [21. II.]: "Urozenému pánu, panu Janovi Tunklovi z Brníčka a z Zábřeha... příteli našemu milému a nám příznivému k dodání. Službu svou vzkazujeme uroz. pane, pane příteli můj milý a nám příznivý. Nepochybujeme než že o tom vědomost máte, jak ode všech tří stavuov přístně při tomto sněmu již jminulém nám z strany berně předešlé vyupomináni poručeno jest, jakž pak podle téhož poručení tak se zachovati musíme a listy obranními v statky lidem se uvazovati míníme. I nechtíc toho při Vás, poněvadž se jest nám posel nahodil, žádáme i také napomínáme, že tu berni předešlu k upomínání nám poručenu bez všeho prodlévání nám poslati ráčíte, neb, jestli, že by se toho nestalo, a my podle povinností našich list obranní na vás vzíti musili, za to žádáme, že nám v tom za zlé míti neráčíte. Dán v Praze ve čtvrtek před Stol. sv. Petra léta 1544. Adam z Říčan a na Zásmucích, Mikuláš Rendl z Oušavy mp., Sixt z Otterštorfu, volení berníci od stavův království Českého"]. Když r. 1565 nastal obecný úpadek placení daní, musil král vlastnoručním dopisem napomínati i předního z českých stavů p. Viléma z Rožmberka a vedle něho tři pány Smiřické, Viléma Trčku a j. I tato psaní, rozesílaná na den Božího těla, byla ještě velmi zdvořilá [Ibid:S 15/14-VI. fol. 12], ale již o sv. Ludmile (16. IX.) psal král nejvyšším berníkům "toho léta sněmem zvoleným i všech předchozích let společně i jednomu každému zvlášť", podrážděně, že podle zpráv České komory obyvatelé nejen neplní usnesení o zaplacení všech restů berních až do r. 1563, ale odmítají platiti i berni z r. 1569, svolenou králi Ferdinandovi, a ačkoliv to prý ještě "do tohoto času" zanechal, nemíní toho již dále snášeti a nestane-li se náprava, bude trvat na provedení všech sněmovních usnesení proti dlužníkům. Nejdříve však dá pronésti ještě jedno veřejné napomenutí ústy svého bratra, místodržitele v Čechách, arciknížete Ferdinanda na soudu komorním [A M V. v Praze St. manip. S 15/13, fol. 144]. - I z tohoto listu, ač svědčí již o hněvu králově, jest patrno, že král jen velmi nerad sahal k exekučnímu vymáhání berní.

Kterak v době poměrně ještě velmi slabého oběhu kapitálu si pomáhali dlužníci, kteří okamžitě nebyli solventní, ukazuje tento případ. Pan Heralt Kavka z Říčan na Štěkni neměl ještě v prosinci 1546 zaplacenu berni ze jmění za r. 1545 a protože v oněch politicky ošemetných měsících mohlo nezaplacení berně vzbudit dojem resistence proti králi, kteréhož se patrně obával, prosil na den sv. Stepána radu a sekretáře České komory, Floriána Griespeka, aby na jeho berní rest poukázal králův úvěr u dcery po nebožtíku Václavu Přechovi z Hodějova, který v době jeho splatnosti vyplatí [A M V. St. manip. S 15/14-I].

Opožďování berní realisace nutilo stálek anticipacím berně úvěrem, jenž byl značně drahý, neboť Šlo o úvěr nezaložený. R. 1542 připomíná král z Norimberka nejvyššímu hofmistru, aby s odvodem svolených peněz nebylo otáleno, neboť ze zdejší (norimberské) anticipace platí se stále ještě vysoké úroky a tak škody rostou den ze dne [A M V. Abschiede 24, fol. 163]. Ač drahota tohoto úvěru byla známá, někdy nebylo vyhnutí. Tak v březnu 1558 psal o tom arcikníže Ferdinand králi Maxmiliánovi, že ačkoliv nejv. purkrabí ustanovil v každém kraji dva šlechtice k vymáhání berních nedoplatků - sněm r. 1557 nezvolil již krajských berníků - nemůže spoléhat, že do sv. Jiří bude mít Česká komora potřebných 27.000 tol., jichž splatnost nastává. "V Čechách je málo hotových peněz, je obtížné opatřit i tisíc tolarů." Jedná prý sice i s pražskými kupci, ale ti jsou mnohem méně zámožní než v Říši a myslí proto, že bude musit sáhnout k novému bankovnímu úvěru na účet berních restů [A M V. Abschiede 24, fol. 163].

Stavové velmi často se pokoušeli docíliti škrtnutí starých berních restů. Tak již r. 1537 chtěli učiniti nové svolení berně ze jmění jen s podmínkou, že z DZ. budou vymazány všechny vklady učiněné na dlužné berně od r. 1528. Pro nedostatek zpráv o tomto sněmu nelze říci, do jaké míry jim bylo vyhověno; rozhodně ne ve všem, neboť podle artykulů zmíněného sněmu měli naopak nejvyšší berníci zjistiti ty, kdo nesplnili usnesení sněmu r. 1532 o pomoci králi proti Turkům a pro obranu markrabství moravského. Kdo se tak provinili, měli být nyní přitaženi, aby to nahradili v penězích i s pokutami na ně předešlými sněmy uloženými [SČ. I]. Šlo-li o nějaké prominutí starých nedoplatků, tedy nejvýše jen před r. 1532.

Ale hned nově svolenou berni musil král opět upomínat. Prostřednictvím České kanceláře dal rozeslati 1. září napomenutí všem krajům a 4. září všem městům královským, aby urychleně složily svatobartolomějský termín berně, neboť nutno rychle opatřit peníze na výplatu najatého vojska, které leží ve Slavonii před nepřítelem, jenž se právě chystá k útoku, kdežto královské vojsko pro špatné placení žoldu hrozí odtažením [Tomek XI. 173]. Avšak, ačkoliv šlo pouze asi o 25 tisíc čes. kop v obou termínech, ještě v květnu příštího roku nebylo na ni vybráno více jak 9 tisíc; všechno ostatní zůstávalo za poplatníky. Spatné placení berně právě v letech 1537-1542 vedlo k novému zadlužování běžnými schodky, jimiž rostl nezaložený dluh, který zase čas od času nutil krále k novým zástavám.

Exekuční vymáhání berně, po zkušenostech z let 1527 až 1530 obával se král navrhovati a stavovská berní správa ovšem sama příliš příkře proti neplatícím nenastupovala. Několikrát se v této době objevil námět, aby stavové postoupili vymáhání daňových nedoplatků České komoře, a to automaticky po projití příslušných daňových termínů a provedeném vyúčtování nejvyšších berníků. Ačkoliv komora v tomto právu spatřovala na podzim r. 1527 svůj ideál, nyní tento návrh odmítla, když znala lépe svou neoblíbenost mezi stavy a překážky, s nimiž se setkávala na př. v pouhé snaze opatřiti správce pro statky, které musily být podle berničného práva některým zvlášť tvrdošíjným dlužníkům obstaveny [Srv. co o tom soudí V. Pešák v "Dějinách král. České komory", Sb. AMV. III. s. 178].

V proposici k sněmu r. 1542 dovolával se král křesťanského svědomí stavů [SČ. I.]: "Co se té pomoci peněžité od stavův svolené na sněmu minulém (3. března) dotýče... tu zprávu míti ráčí, že by mnohé osoby listův přiznávajících ani té polovice berně z statkův svých i z lidí nedaly, což jest J. Mti s nemalým podivením, že taková věc na škodu všeho křesťanstva se odtahuje a některými osobami obmeškává... protož berníkům... poroučeti ráčí..." atd. Bylo totiž právě - respektive král tak věřil - před velikou říšskou výpravou do Uher, pro niž se měl opatřiti z daní království a rakouských zemí dědičných potřebný proviant a těžká střelba. Ale po roce "předešlá pomoc" zase ještě dobrána nebyla. Nicméně sněm učinil již opatření o jejím vyúčtování. Berníci pro její správu zvolení měli se hned sejíti a do Provodní neděle (1. dubna) berni vybrati. V pondělí po té měli zasednouti se sněmovní komisí a složiti jí počet [SČ. I.]. Sněmovní komise byla pověřena vybrati počet také od stavovského colmistra. Král však pociťoval takový nedostatek hotových peněz, že nechtěl čekati ani na vyúčtování a již šest dní po konci sněmu, 11. března, žádal nejv. kancléře Jindřicha z Plavná, aby berní peníze, které mají nejvyšší berníci na hotovosti, byly ihned odeslány do Vídně, neboť přehled užití minulých pomocí, který vypracovala Dvorská komora, odevzdal prý již stavům a vyúčtování válečného colmistra bude hotovo v několika dnech, ale stavové prý stejně vědí, co bylo colmistru odevzdáno, neboť se to dalo veřejně [A M V. Abschiede 24, fol. 172].

Z Gindelyho přehledné tabulky berně ze jmění od r. 1552 jest patrno, jaký byl rok od roku rozdíl mezi odhadem a mezi skutečným výnosem. Počátkem let padesátých činil pět až osm tisíc ročně, čili při předpokládaném výnosu kolem 100 tisíc čes. kop, tolikéž asi procent, což byl nejlepší rozdíl po celou dobu její platnosti, naproti tomu v polovině let šedesátých činil již celou třetinu a často i více.

Když po zavedení berně domovní r. 1567, panovník prosadil, že musila být všemi berníky od r. 1552 prováděna revise starých berních nedoplatků, vyšlo najevo, že podle úředních vyúčtování z let 1552-1564 zůstalo za poplatníky plných 53.448 kop 18 gr. 1 d., komora pak dopočítala se částky ještě o pět a půl tisíce vyšší, totiž 58.906 kop 31 gr. č. [SČ. III.], ale ani to ještě nebyl úplný počet, neboť když po gen. sněmu 1569/70 zjišťovali výši berních restů za zmíněná léta nejvyšší berníci znovu, došli čísla 70.551 kop 37 gr. č. [SČ. III.], čili tolik, kolik asi ročně berně v průměru let 1552 až 1563 vynášela.

Opět jiné vypočtení berních restů zachovalo se v aktech České komory z r. 1566 [A M V. St. manip. S 15/10-II], tedy ještě z doby před změnou berního systému. Je to akt o několika listech, kde uvádějí se - bez konečného součtu - berní resty podle jednotlivých krajů s jmenovitým uvedením všech dlužníků. Sečteme-li krajské výkazy, dojdeme k částce 53.983 čes. kop 20 gr. Zajímavý pohled na rozložení berních restů však poskytuje právě krajské rozdělení zmíněného výkazu. Na první pohled vidíme, že výška restů se řídila nikoliv chudobou kraje, nýbrž naopak, že mezi ní a stupněm bohatství kraje byla spíše přímá závislost. Bližším ohledáním pak zjistíme, že rozhodovalo o ní hlavně množství panských poplatníků v kraji ve srovnání s počtem poplatníků jiných stavů. Největší berní rest vykazoval kraj plzeňský a hned po něm kraje bechyňský, čáslavský a boleslavský. Naproti tomu typicky "rytířské" kraje jako byly podbrdský, vltavský, rakovnický a chrudimský, vykazovaly resty nepatrné [podle shora zmíněného přehledu byl berní dluh mezi kraji rozdělen takto: