Přechod českého bernictví od daně ze jmění k nepřímým berním z prodejů různého zboží, čili k tak zv. berni třicátého peníze vedl k podstatným změnám v berní správě. Především sněm zvolil jednotnou ústřední správu pro všechny tři stavy, čímž obnovena situace z let 1517-26; nejvyššími berníky se stali: Jan purkrabí z Donína za stav panský, Heřman Sedlecký od Dubu za stav rytířský a staroměstský purkmistr Jakub Fikar za stav městský [SČ. I.]. Prvně v historii nejvyššího berničného úřadu byl jim také vyměřen pevný plat a sice berníkům šlechtickým po dvou stech kopách, Fikarovi sto českých kop ročně. Zvoleni byli na všechna tři léta, po něž nová berně byla svolena, a povinností jejich bylo zasedati v Praze na hradě královském o každých suchých dnech a ve čtyřech nedělích po nich následujících, tedy celkem 16 neděl v roce. Zmíněným třem nejv. berníkům dal sněm plnou moc najmouti si dva písaře, kteří měli úřadovati spolu s nejvyššími berníky, s nimiž se měli o výši svého platu dohodnouti. Úhrada jejich gáže, stejně jako plat nejvyšších berníků, šly na účet berně.

Panovníkovi dovolili stavové vyslati do sboru nejvyšších berníků dva královské přihližitele, "kteříž s přijímáním peněz a berně nic činiti nemají míti, než toliko aby přihlédali, viděli a při tom bývali, jaká pilnost a bedlivost u přijímání peněz z berně se zachovává". Kromě toho směl si král zříditi a platiti čtyři pojízdné účetní inspektory, kteříž měli "ustavičně jezditi a pilně vyhledávati, aby se pořádně a spravedlivě všudy berně vybírala", ale zjistili-li kde nepřístojnost, neměli sami práva zakročovati, nýbrž měli ji hlásiti příslušné vrchnosti nebo městské radě a nejvyšším berníkům v Praze, kteříž teprve měli sjednati nápravu.

Zdar berně byl závislý především na nižších berních orgánech, tím spíše, že tentokráte vůbec vypadl stupeň krajské berní organisace. Úspěch záležel tedy hlavně na berní organisaci v jednotlivých městech a na patrimoniích. Berně svolená byla mnohostranná: z varů pivních, z pivního šenku, z prodeje všech druhů obilí, vína, dobytka hovězího, koní, ovcí, koz a vepřů, živých a sušených ryb, z kupeckého zboží v malém i velkém, z vlny, suken a pláten, dále z vývozu do ciziny a sice piva, vína, všech druhů dobytka a z dovozu piva z ciziny. Pro dávky z vývozu a dovozu, tedy vlastně nová cla, tentokráte zemská, stanovili své výběrčí na hranicích nejvyšší berní ci a s nimi čtvrtletně vyúčtovávali, sbírky z prodejů domácích organisovaly však jednotlivé šlechtické a městské vrchnosti.

V každém městě - nejen královském, ale všude "kde trhové aneb jarmarkové bývají" - byli ustanoveni k úřadu berníků dva konšelé, jimž byl dán k ruce jeden radní písař a ti jednak sami, jednak prostřednictvím svých výběrčí vyslýchali jednotlivé výrobce a obchodníky a podle jejich přiznání od nich příslušnou berni vybírali, vydávajíce jim bilance a vedouce o ní vlastní registra. Sládkové musili vésti registra o spotřebě pšenice a ječmene na slad. Z každého strychu ječného sladu platil se jeden groš český a šlo-li ječné pivo do šenku, pak z každého věrtelového sudu dva groše další, s pšeničného sladu pak jeden groš a z prodejného piva pšeničného další groš. Posudné vybírali sami konšelé. Kupci musili na svou víru přiznati komorníkům, kolik stržili každý týden a dle toho platiti. Na veřejných trzích působili najatí výběrčí přímo při trhu za odměnu ¹/₁₂₀ vybrané berně "majíce železnou zamčitou pušku", totiž pokladnu, do níž příslušnou sumu prodávající prostě házel. Vyúčtování s berníky prováděl měsíčně purkmistr, jenž potom daň každého čtvrt roku odváděl nejvyšším berníkům na Pražský hrad.

Na panstvích organisoval berní správu hejtman a úkol konšelů plnil rychtář a jeden starší. Také měli železnou zamčenou pokladnu, od níž měl klíče jen panský úředník, a povinností jejich bylo hleděti obchodu ve vsích, zejména prodejů dobytka. I oni měli vésti registra a míti k tomu písaře, ale kde by takových nebylo, tam "aby rychtář vruby měl a k tomu konšelé druhý". Na vrubovní hůl měl řezati kopy, za něž v té vsi prodáno. Měsíčně musil se dostaviti rychtář s vruby i s pokladnicí na zámek do kanceláře, kde s ním hejtman učinil počet a odevzdal příslušnou odměnu. Vrchnost musila odevzdati vybranou berni každého čtvrt roku. Jakou odměnu za správu berně bral purkmistr resp. šlechtická vrchnost není z ničeho patrno.

Správa berně vývozní dala se na celních stanicích královského regálního cla. Pokud lze z některých zpráv pozdějších určiti, pověřovali jí někdy stavovští nejvyšší berníci přímo královské celníky, kteří patrně vedli pak dvojí celní registra; někdy ustanovovali celníky vlastní. K. zemské berni dovozní stavěli patrně vlastního úředníka do pražského královského ungeltu. Pražští židé podobně jako u berně ze jmění také nyní měli právo zvoliti si vlastní berní správu a vlastní výběrčí. Židovští konšelé odváděli vybranou berni přímo do České komory, což dalo se proti vůli Staroměstské rady [St. manipulace S 15/6, fol. 104].

Ustanovení proti dlužníkům berně byla zostřena ve srovnání se stavem, jaký byl obvyklý u berně šacovní. Protože nebylo berníků krajských, měli míti nejvyšší berníci hned po uplynutí berního termínu přehled o tom, kterak byla berně placena. Termíny platební byly čtyři podle suchých dní, při čemž přiznávací registr minulého období sloužit měl za základnu berní v období následujícím. Protože však mezi berními jednotkami, totiž patrimonii a městy, a mezi nejvyšším úřadem berničným nebylo žádného mezičlena, znamenalo to nikoliv zjednodušení agendy, nýbrž naopak její zpomalení, což zajisté nepotřebuje výkladu, představíme-li si tehdejší komunikační možnosti. Artikuly nicméně přikazovaly nejvyšším berníkům, že po vyjití dvou neděl od každého kvatembrového termínu mají požádati proti každé vrchnosti, jež by berně nesložila, o vyslání komorníka od Desk zemských, proti takové pak, jež by statku deskového neměla, o list zatykači od nejvyššího purkrabí. Vydání spojená s exekucí mohli nejvyšší berníci činiti sami z berně, ale musili je znamenati do register a ze všeho potom složiti počet sněmovní komisi pro převzetí účtů, K složení těchto počtů zvolil sněm dvanáctičlennou komisi, jejíž pravomoc obsahovala všechny tři roky, na něž třicátek byl sněmem povolen. Byli v ní po čtyřech zástupci každého stavu [SČ. I.].

Ačkoliv organisace třicátku byla vypracována do podrobností, stavové byli si vědomi, že je nedostatečná, neboť při všeobsáhlosti berně nebylo lze všude opatřiti stejně účinnou kontrolu a nad to hrozilo také nebezpečí, že obchodníci a sedláci začnou se vyhýbati trhům, takže vznikne nedostatek zboží a drahota, podobně zase jako na hranicích pašeráctví. Proto bylo vloženo přímo do artykulů ustanovení, že sedlák nesmí nic prodávat mimo městské trhy s výjimkou dobytka, a zrušena všechna omezení prodeje řemeslnických výrobků v domácím městě i na trzích v městech okolních. Na jakékoliv omezování volného trhu stanovena byla pokuta 50 čes. kop.

Celý pracně promyšlený systém správy nové berně neměl dlouhého trvání. Pro zlý odpor královských měst, jež se na východě Čech začala proti berni docela organisovati v politicko vojenskou jednotu, musila býti berně králem zastavena již na jaře r. 1535, ovšem s výhradou, že se tím král nikterak nezříká peněz, které mu stavové jejím povolením chtěli opatřiti na výkup některých komorních statků ze zástavy.