Do habsburského období přecházeli dvojí nejvyšší berníci; jednak jmenovaní králem Ludvíkem r. 1523, jednak druhá trojice, vzniknuvší za neznámých blíže okolností, v souvislosti se svolením berně r. 1526 [sněmy české I.]. Druhá trojice nebyla již úplná, neboť jeden z ní, patrně berník městského stavu, Kutnauer, zmizel na válečném tažení v Uhrách, takže bylo lze míti za to, že buď zahynul, nebo upadl do tureckého zajetí. Sněm, jenž se sešel v Praze ještě před korunovací Ferdinandovou, zvolil na jeho místo osvědčeného habsburského straníka, Mikuláše Hyzrle z Chodova, a uložil mu, aby spolu se zbývajícími berníky do Hromnic 1527 berni v minulém roce svolenou vyupomínal a složil z ní počet komisi k tomu zvolené. Napříště pak ustanovil, že zemře-li některý berník uprostřed své funkce, jsou držitelé a dědici jeho majetku povinni berní peníze vyúčtovati místo něho. Také toto usnesení zůstalo potom jednou ze zásad české berní správy.

Sněm, zasedající po Ferdinandově korunovaci od konce února, usnesl dvojí berni: obvyklou berni korunovační, totiž kombinovanou berni z hlav a poddanských platů vrchnostem, a tak zv. "tureckou pomoc", totiž berni ze jmění podle odhadu, proto zvanou často také berní šacovní [SČ. I.]. Dvojice berně mohla předpokládati dvojí berní správu. Uvidíme ještě, kterak se to v praksi projevilo. Avšak i způsob, jímž byla šacovní berně tentokráte svolena, způsobil, že starší zřízení berní nebylo udržitelné. Nyní totiž nebylo vyhlášeno určité procento, jímž se zdaňuje jmění každého poplatníka, jako se stalo v letech 1517, 1522, 1523 a snad také r. 1526, nýbrž stavové na sněme shromáždění vzali na sebe povinnost najmouti a vydržovati po šest měsíců tisíc jezdců a šest tisíc pěších, na kteréžto vojsko, nečítajíc náklad na štáb a střelivo, jejž obstarával král, připadalo ročně 81.600 čes. kop neboli 204 tisíce zl. r. Tuto částku rozdělili si stavové mezi sebe rovným podílem, čili po třetině. Protože suma jmění každého stavu byla jiná, znamenalo to, že v každém stavu bude jiný rozvrh berně a jiné procento zdanění. Každý stav musil tedy vybudovati vlastní berní správu, vlastní ústředí a případně i vlastní orgány krajské. Král pouze ustanovil, že nejvyšší berníci každého stavu mají odvésti berni mistru nově zřízené České komory, jímž jmenoval Mikuláše Hyzrle z Chodova, berníka dodatečně zvoleného počátkem ledna pro berni roku minulého. - Tak nové kontingentální rozvržení turecké berně rozložilo jednotnou berní správu, existující od r. 1517, a mohlo omeziti stavovskou berní autonomii jen na správu uvnitř jednotlivých stavů.

Stav panský ustavil svoji stavovskou berní správu na sjezde konaném hned po sněmu v Praze a určiv za svého nejvyššího berníka karlštejnského purkrabí Jana ze Šternberka a p. Mikuláše z Říčan na Hořovicích, prohlásil hrad Karlštejn za sídlo své berní správy a pokladny. Rozvrh berně měl provésti v měřítku celozemském. Stav městský za nového stavu rozpomenul se na způsob berní správy před r. 1497 a svým berním ústředím učinil zase staroměstského purkmistra, kde byl vypočítán rozvrh pro jednotlivá královská města. Jak zamýšlel v této době zorganisovati svoji ústřední správu stav rytířský, nelze z ničeho zjistiti

Krajské berničné správy, v nichž nebylo zástupců měst, a jichž při svém celo-zemském rozvrhu nepotřebovali ani páni, měly býti vlastně jen orgánem rytířským. A tak se také poměry většinou vyvinuly. Krajští berníci byli voleni na krajských sjezdech rytířstva, pokud sjezdy se vůbec sešly, nebo pro oposici účastníků mohly dospěti k usnášení. V některých krajích však na sjezd přišli také páni a zvoleno po jednom berníku ze stavu panského a po jednom ze stavu rytířského [sám nejvyšší purkrabí Zdeněk Lev, u něhož nejspíše bylo by lze předpokládati znalost zamýšlené nové organisace, píše o svém přiznání krajským berníkům plzeňským: "Co v tom kraji mám, dokonale neviem, nebo sem prve z těch statkuov, což k mým zámkuom v kraji Práchenském přísluší, společně berni do kraje Práchenského dával... nyní však s pány radami komory královské o to sem namluvil, že mám, cožť jest mi král J. Mt dlužen, na tom tu berni a pomoc vyraziti a jim registra, co toho náleží jest, dáti." (Archiv český X. 214)] a krajští berníci počali vymáhati přiznání k turecké berni také od pánů, kteří podle usnesení jejich pražského sjezdu měli ji odvádět přímo na Karlštejn [SČ. I.]. Někteří z krajských berníků rytířských, tam kde krajské sjezdy se nesešly, byli snad ustanoveni teprve na celozemském sjezdu rytířstva v Praze v květnu [SČ. I.].

Správě berně hrozila tedy desorganisace; ale v těchto měsících, dubnu až červnu, s výjimkou městského stavu, stejně nikdo peněz na berni ještě neodváděl. Rytíři konali právě krajské sjezdy spíše proto, aby se radili, kterak berní neplatit, neboť trvali na splnění králova slibu, že zaplatí staré královské dluhy a byli nejvýše ještě ochotni místo peněz platiti berně královskými dluhopisy. Oposice jejich vyvrcholila na celozemském sjezdu v Praze koncem května a projevila se - vedle protihabsburských tendencí vůbec - hlavně odmítáním několikeré berně, jež měla být placena, aniž král přikročil již k splácení dluhů starých. Skutečně, čítáme-li také placení starých berních nedoplatků z let 1523-26, jež měla vymáhati Česká komora, šlo u některých poplatníků až o šesterou berni: z hlavy a z úroků poddaných, ze jmění nemovitého, z kapitálu a ze židů. Samo vyjmenování berní vede k poznání, že některý důchod byl zdaňován až třikráte. V přiznaném jmění byly obsaženy na př. selské usedlosti, takže byly zdaněny příslušnou kvótou podle základny berně ze jmění, současně však zdaněn byl důchod, jenž z nich vrchnosti Sel, totiž poddanský úrok, a to 50% výnosu, a jestliže vrchnost zatím použila peněz jdoucích z poddanského úroku jako kapitálu, zdaněny byly znovu, dávkou asi 10% výnosu. Převedeme-li i daň ze jmění poddaných na důchod vrchnosti z poddaných, vidíme, že zdaněn byl více než 70%.

A protože v bohaté řadě berní nebylo vždycky rozlišováno a poplatníci dívali se na ně spíše jako na jeden celek, postihl odpor rytířstva i daň, která jindy byla zcela samozřejmá, totiž berni korunovační (z hlav a poddanských úroků). Hlučná oposice rytířstva působila i na stav panský, jenž interesován byl zase hlavně osudem starého svého úvěru za králi Vladislavem a Ludvíkem a proto, dokud o něm král nerozhodl, rovněž nechvátal s plněním berní povinnosti, leč snad pokud šlo o berni korunovační.

Když už se situace stávala povážlivou jak politicky, tak pro další organisaci berní správy, král na počátku června, po svém návratu z holdovací cesty do Slezska, před oposicí ustoupil. Vyžádal si pouze obojí berni stavu městského, kdežto oběma vyšším stavům odevzdal výnos všech dosud nezaplacených daní - tedy i berně korunovační - na krytí jejich pohledávek za bývalými českými králi [Václav Pešák: Berně v Čechách roku 1527 Sb. A. M. V. sv. VIII, s. 119]. Tak ze všech šesti forem berně- neboť i staré nedoplatky berní svěřené České komoře měly jíti na úmor královského dluhu - vznikal u obou vyšších stavů jakýsi jednotný finanční fond. Doslova platí to aspoň o obou tvarech berně korunovační a všech třech tvarech berně turecké, jež zůstávaly v autonomní správě stavů.

To vedlo ovšem k její reorganisaci. Od června berní správa panská a rytířská znenáhla splývaly. Karlštejn, kde dosud bylo sídlo panské pokladny a panských nejvyšších berníků, stal se i místem ústřední rytířské berní správy [nejvyšší purkrabí Zdeněk Lev z Rožmitála pobízeje svými listy z 5. července 1527 116 liknavých šlechtických poplatníků (Archiv český X., s. 157 n.), vyzývá je, ač jde jak o pány, tak o rytíře, aby svoji berni zasílali do dvou neděl na Karlštejn v moc pana Jana ze Šternberka a p. Mikuláše z Říčan. Zdůrazňoval současně, že lze také místo placení hotových peněz vzít na sebe stejně vysoké královské dluhy, což prý Česká komora pomocí zmíněných dvou berníků zaopatří. Naproti tomu sám, jak jsme výše viděli, ač pán, podával přiznání k berni berníkům krajským] a naopak zase páni začli odváděti své přiznávací listy berníkům krajským, kteří pořizovali krajská registra šacovní. Patrně, kde nebyli páni v nich zastoupeni již dříve, stalo se tak nyní dodatečně. Tak z trojice stavovských berničních správ stala se zase dvojice, jako bývalo do berně r. 1497. Odkladem berních termínů a svolením k termínu třetímu až v dubnu 1528 získala reorganisovaná berničná správa vyšších stavů dosti času k rozvinutí své činnosti.

Pokud šlo o berničnou správu stavu městského, byla tato počátkem června dále, takže již 16. června mohla prostřednictvím České komory odeslati za králem do Vídně největší část turecké berně. Za to však trpěla neshodami se šlechtickými krajskými berníky při berni korunovační.