Roku 1589 byl sněm dne 2. června zahájen a již 13. června ukončen. Příliš kratičkou dobu zasedání sněmovního vysvětliti možno tím, že sněm t. r. nebyl svolán za příčinou svolení berně, nýbrž aby zvolil komisaře, kteříž by s Polskem uzavřený mír přísahou také utvrdili. Mír mezi Polskem a císařem zprostředkován papežským legátem a uzavřen dne 24. května 1589 na zámku Lublíně. Vedle kompaktát mezi královstvím Českým a Polským měl takový mír volenými na sněmu zástupci z království Českého i přivtělených zemí utvrzen býti, za kterouž příčinou zvolili všichni tři stavové na sněmu shromáždění dvadcet osob ze stavu panského a rytířského, aby se zástupci z příslušejících zemí všecko, což k dotvrzení těch smluv náleží, vykonaly. [Zvoleni byli ze stavu panského: Vilém z Rožmberka, Jiří st. z Lobkovic, Jiří Bořita z Martinic, Joachym Novohradský z Kolovrat, Krištof ml. z Lobkovic, Václav Berka z Dubé, Volf Novohradský z Kolovrat, Karel z Biberštejna, Václav z Říčan a Jiří z Šternberka; ze stavu rytířského: Michal Španovský z Lysova, Burian Trčka z Lípy, Albrecht Kapoun z Svojkova, Vilém Vostrovec z Kralovic, Václav Ples Heřmanský z Sloupna, Radslav Vchynský ze Vchynic, Václav Budovec z Budova, Krištof Želinský z Sebuzína, Vilím Vřesovec z Vřesovic a Krištof Šlejnic z Šlejnic.] Později nařídil císař Jaroslavovi Smiřickému ze Smiřic, aby s druhým ještě komisařem Jiřím mladším z Lobkovic arciknížeti Maxmilianovi do Poděbrad naproti vyjel, a kdebykoliv arciknížete zastihnouti mohli, jménem císařským ho přivítali a na hrad Pražský doprovodili.

Další jednání sněmovní týkala se:

1. dání moci nejvyšším ouředníkům a soudcům zemským, aby, kdyby toho potřeba byla, anebo císař toho žádal, v příčině porovnání o meze království Českého a zemí k němu připojených, zvláště pak strany hranic Polských a Slezských, komisaře voliti a jim listy mocné pod zemskou pečetí k jednání vydati mohli.

2. Přijetí za obyvatele království Českého rytíře Edvarda Kelleye Englezara z Conaghagu v Irsku a Jiříka i Bartoloměje Pergera z Pergu. Císař přimlouval se též k stavům, aby také Hektorovi Weyssovi z Mifflinku inkolat udělen byl, však žádost ta vyřízena teprv roku 1590.

3. Přitisknuta pečeť zemská k mocnému listu komisařům od císaře nařízeným, aby spor mezi krajinou Chebskou, totiž hradem, purkrabím a měšťany Chebskými, komendatorem řádu křížovnického, Jeronymem Cedvicem s jedné a knížetem Jiřím markrabím Braniborským se strany druhé smlouvou nebo soudem urovnali. Dána v příčině té plná moc nejvyšším ouředníkům a soudcům zemským, aby mohli vedle komisařův císařských také komisaře zemské zvoliti.

4. Stavové dali svolení k tomu, aby Krištof Želinský z Sebuzína, místopísař království Českého, poddaného člověka ve vsi Kročihlavech, k úřadu místopísařství království Českého náležejícího, Ctiborovi Tiburcímu Žďárskému ze Žďáru k dědictví postoupiti mohl, však aby suma peněz 350 kop gr. m. za grunty téhož poddaného daná připojena byla k sumě 4.000 kop gr. m., kterouž stavové na vychování místopísařů byli ustanovili.

5. Mimo usnešení celého sněmu přijalo rytířstvo do stavu svého Mat. Prekle z Proksdorfu, Jonáše Tuchera z Šoverova, Daniele Matiáše z Šudetu, Jana Cetlbergara z Cetlbergu, Jana Nekše z Štramberku, Matěje Šlechtína z Sezemic a Václava Horského z Grynfeldu.

S jednáním dřívějších sněmů souvisí podání nejvyšších ouředníků zemských v příčině Moravy. Zástupcové stavů Moravských uvolili se pro defensi najmouti 300 husařů a 500 hajduků, i žádali k tomu za svolení císařské. Arcikníže Arnošt zrazoval císaři povolení takové žádosti, poněvadž není účelem defense, aby cizí lid najímán byl, nýbrž aby domácí šlechta v službách válečných jako jízda se vycvičila, neboť kdyby šlechta vojenského výcviku nedosáhla, ani výprava domácí zemské hotovosti by za mnoho nestála; mimo to není žádný nadbytek vojenského lidu v Uhřích, a kdyby Moravané část toho lidu do služeb najali, bylo by se škodou pro císaře samého, neboť by tamější posádky seslabeny byly. Však Moravané vyslali zvláštní poselství do Prahy, aby jim povoleno bylo takové najímání, kteréž s nevelikými outratami by bylo spojeno, a poněvadž by jim nebylo možné pro defensí svolený počet vojska vypraviti. Nejvyšší úředníci zemští království Českého byli sice srozuměni s vývody arciknížete Arnošta, připomenuli však, že v markrabství Moravském nebude snadné 1500 zbrojných koňů sehnati, poněvadž léta 1566, když tažení válečné do Uher podniknuto a téměř veškera šlechta na výpravě se súčastnila, sotva 1200 jezdců vyzbrojeno bylo; a poněvadž by také výcvik obecného lidu k jízdné službě vojenské nemalého nákladu vyžadoval, doporučili čeští úředníci zemští žádost Moravanův císaři k schválení, oznamujíce také, že Moravané při nejblíže příštím soudu zemském hodlají rokovati o tom, jak by defensí zlepšena a zřízení zemské napraveno býti mohlo.

Arcikníže Arnošt, jenž ve Vídni sídlil a všechna opatření na obranu hranic proti Turku spravoval, žádal císaře, aby na ochranu báňských pomezí v království Českém svolené a od r. 1579 nedoplacené berně, se vší přísností zvyupomínány byly, poněvadž nezaplacené služby vojsku v Uhřích na 185.790 zl. zůstává. Později oznamoval, že z Čech a Moravy na obranu báňských hranic vykázané pomoci nevystačují a že 40.000 tolarů by mělo bez odkladu býti vyplaceno. Peníze na obranu pomezí proti Turku nevystačovaly., poněvadž císař sám pro uspokojení věřitelův nemalé částky vybíral. Aby rostoucím nesnázím odpomoženo býti mohlo radila komora dvorská císaři k brzkému rozepsání sněmův v Čechách a na Moravě.

Dne 3. června t. r. předkládal nejvyšší mincmistr Karel z Biberštejna ztížné žaloby na špatné hospodářství v Hoře Kutné, jehož vínu přičítal nadhutníku a sliboval všechny nedostatky odstraniti, když mu větší dána bude moc. Komora dvorská nedoporučovala splnění takové žádosti, navrhovala však vypravení komise do Kutné Hory, aby věci takové vyšetřeny byly. Jaké stalo se rozhodnutí, nevíme.

Značný počet listin osvětluje neutěšené poměry náboženské. Císař vydal nařízení v příčině spravování se konsistoří podobojí a usazování kněžstva řádně svěceného, však což platna byla všechna taková poručeni, když řádně svěcených kněží pod obojích se nedostávalo, poněvadž arcibiskup a jiní biskupové světili jen takové kandidáty na kněžství, kteříž zkoušku u nich odbyli. A protož uchylovali se mnozí pro ordinaci do Německa. Konsistoř zdráhala se v cizině ordinované kněží na fary podávati, kolátoři však nestarajíce se o konsistoř přijímali je po své vůli a libosti. Proto časté žaloby a ztížností. Konsistoř žalovala, že ode všech opuštěna nemůže pomoci, ochrany od žádného se dovolati, nebo nejen osoby stavu rytířského ale i Pražané a jiná města konsistoř potlačují, potupují, tak že od začátku svého, po 168 let, v takové lehkosti u lidu nebyla, v jaké zůstává. Současně prosili konsistoriáni nejvyššího kanclíře království Českého Adama z Hradce, aby také Pražanům jako jiným městům zasláno bylo nařízení císařské v příčině spravování se konsistoř í a usazování kněží pořádně svěcených, poněvadž města Pražská nejvíce proti konsistoři na odpor se staví a jiná města příkladem jich se zastírají. Dne 18. února ztěžovala si konsistoř nejvyššímu kanclíři na Slánské, že konfirmovaného jim kněze za správce duchovního přijíti nechtí. Brzy na to žaloval administrátor a farářové konsistoře pod obojí císaři, že Pražané Novoměstští i Malostranští a skoro všechna města mandát císařský v příčině zápovědi nebývalých bludných sekt a schůzí postranních i zachování starého náboženství dne 11. ledna t. r. vydaný mlčením pominula, kněží řádně svěcených nepřijímají, konsistoř pod obojí potupuji, protož aby nad nařízením takovým ruka ochranná držána byla. Podobné ztížnosti podali na Mělnické, že podávaného jim kněze za správce duchovního míti nechtějí; rovněž tak zachovali se Velvarští. Nymburští, Berounští, Domažličtí, Sušičtí, Jaroměřští v příčině duchovních správcův na vyzvání do konsistoře najíti se nedali a prohlásili, že kněží od administrátora podaných nepřijmou. Mimo žaloby císaři předkládané žádali také prosebně za intervencí nejvyššího hofmistra království Českého Jiřího st. z Lobkovic v příčině vybytí kněží nepořádných z Kouřimi a Vodňan. Do Kouřimského kněze "neřádného frankfurtského" si ztěžovali, že procesí Božího těla držeti nechce, tělo Boží v monstrancí jmenuje oplatkou, papeže na kázáních haní, nazývaje ho antikristem. Nejvyššímu, purkrabímu Pražskému Vilímovi z Rožmberka žalovali na poddané jeho v Jirčanech, že podávaného jim kněze zamítají a nějakého biskupem nesvěceného za správce duchovního přijíti chtějí, i prosí ho jako pána katolického Za ochranné opatření v téže věci. Purkmistra a radu Starého města Pražského napomínala konsistoř dne 17. března, aby faráře Prosického před administrátora postavili, poněvadž na vyzvání se nedostavil a ani listův od ouřadu konsistořského přijímati nechce. Dne 18. srpna žádal administrátor purkmistra a radu Nového města Pražského, aby opata kláštera Slovanského Matouše Benešovského, který proti řádu konsistoře lid obecný bouří a před soud duchovní postaviti se nechce, a podobně kněze Jana Vilíma, faráře u sv. Jindřicha, jenž také lid proti konsistoři pozdvihuje, rychtářem městským do vězení vzíti dali. Však žaloby konsistoře při císaři a napomínání Pražanův neměly vždy příznivého výsledku, ano konsistoriánům dostalo se důtklivého připomenutí z kanceláře císařské, že císař nad velmi častými nesnázemi a spory mezi městy a konsistoří strany podávání kněží žádného nemá oblíbení. Načež konsistoř pod obojí omlouvala se při císaři dne 30. června, že těch takových nesnází a zaneprázdnění vinna není, poněvadž konfirmuje kněží na všecky řády církve svaté v straně pod obojí od starodávna zvyklé, však "města nevážíce sobě konsistoře nic, sami o své újmě do obcí svých kněží jaké sami chtějí, řádně svěcené i nesvěcené, stěhují a přijímají", na potupu vyšlých nařízení císařských takovými správci duchovními se spravují, kteříž pikhartské a kalvínské učení šíří, "nebo málo koliks měst v království Českém, kde ještě toliko již v neděli mši svatou s elevací slouží, jiné pak všední dny ve všech městech království po pikhartsku toliko v komži u oltáře kněz stoje epištolu a evangelium zpívá a něco tu jim z slova božího poví, písničku zazpívá, i jdou z kostela jako ze chlévu, těla božího, mimo dvě města, v monstranci ani ve dni sváteční a nedělní již nevystavují." A při tom ztěžovala si konsistoř v těchže příčinách do Velvarských a Nimburských, i prosila, aby zvláště těmto městům nařízeno bylo, aby kněze jim podávané přijali, neboť kdyby konsistoři ochrana proti neposlušným městům odepřena byla, nemohla by v úřední povinnosti své déleji trvati. A nejen strany podávání kněží, nesloužení mše svaté, ale i v příčině zlehčování jiných řádů církevních předkládala konsistoř prosebné ztížnosti císaři.

Takž dne 17. května žádali za nařízení purkmistru a radám všech tří měst Pražských, aby osoby radní, měšťané, řemesla, cechové s korouhvemi processí božího Těla se zúčastnili; podobně aby k tomu rektor, Mistři učení Pražského, správcové školní přivedeni byli, aby s žákovstvem na processí šli, poněvadž z nadání katolických benefaktorův vychování a obživení své v kollejích Pražských mají. Podobné nařízení císařské zasláno Kadaňským, aby processí božího Těla podle starobylého způsobu vykonáno bylo. A nejen na města a Pražany žalovala konsistoř, ale i proti mnohým osobám šlechtickým i nešlechtickým volala císaře prosebně na pomoc, aby právo duchovního soudu konsistoře, jako stolice císařské, lehčeno a potupováno nebylo. Takž prosila za ochranu v příčině nářku nějakého Joachyma z Těchenic, kterýž strany výpovědi o slib manželský byl učinil, čehož ujala se panna Sidonie z Michalovic a ku právu duchovnímu z pravého slibu manželského již přisouzeného práva státi nechtěla. A poněvadž jako ode všech opuštěni pomoci, ochrany od žádného dovolati se nemohli a u veliké byli nevážnosti, potupě, žádali konsistoriáni císaře, aby z povinností propuštěni a novými osobami nahraženi byli. I podali k nařízení císařskému dne 10. května seznam osob, které do konsistoře zvoleny by býti mohly, a ač počet jich ze dvanácti na tři byl se zmenšil, prosebná žádost jich ještě v měsíci říjnu vyřízena nebyla, jakož viděti z opětně podané prosby k císaři v příčině obnovení konsistoře.

Vedle četných až do únavy se opakujících žalob konsistoře pod obojí nacházíme také prosebnou žádost katolických měšťanů Starého města Pražského k arcibiskupovi v příčině odevzdání jim ženského kláštera sv. Ducha na Starém městě. Klášter sv. Ducha totiž byl po smrti poslední jeptišky toho času prázdný, pustý, a poněvadž něco k němu bylo důchodův, na kteréž by se farář s jedním nebo druhým kaplanem vychovati mohl, použili katolíci velmi příhodné pro ně příležitosti a prosili císaře i arcibiskupa, aby jim za kostel farní vysazen byl. Žádost svou odůvodňovali, že žádného kostela a místa farního, kdež by těla jich po smrti pochovávána býti mohla, ani správce církevního, kterýmž by se v potřebách duchovních spravovati mohli, nemají. "Nebo, ačkoliv v tomto městě Pražském klášterův, kostelův katolických některý počet jest, však poněvadž v těch větším dílem mniši a řeholníci cizozemci jsou a jazyku našeho českého neumějí, a také vedle řehol svých té svobody, aby křtíti a času nočního, jakž toho mnohokrát potřeba přichází, do domů světských vcházeti, v stav svatý manželský potvrzovati, poctivé manželky po porodech do chrámův božích uvozovati, a přes rynky a ulice mrtvé k pohřbům provázejíce z klášterův svých se procházeti měli, nemají, a nám se v tom propůjčovstí spůsobni ani dostateční nejsou; a by pak i mohli a nejraději chtěli, pro rozličnost a nevážnost lidu obecního, kterýž na ně všelijaké mnichy i jezovity prskají, povolávají a někdy i skutkem dorážejí, a jim se i nám spolu s nimi jdoucími posmívají, a tudy i u víře naší katolické lidi nedokonalé anebo k nám přistoupiti chtějící, odrážejí, toho bezpečně vykonávati nemohou. A poněvadž v těch příčinách a potřebách spasení našeho tak opuštěni a zanedbáni jsme a nás katolických zde již nemalý počet jest a vždy nás více a více přibývá," protož prosili, aby žádost, "pro jich duší spasení k skutečnému vykonání přivedena byla."

Viděti, jak poměry náboženské znenáhla a vždy více stávaly se rozhodnějšími. Císař chránil, podporoval katolíky kde a jak mohl. Takž nařídil dne 2. listopadu t. r. hofrychtéři království Českého, aby obnovu městských rad v Plzni i Kadani vykonal a místa konšelská katolickými lidmi osadil.

Jiné při roku 1589 otištěné listiny týkají se různých záležitostí. Takž město Rakovník opětovalo žádost svou ke komoře české, aby z rukojemství, v nějž se byli Plzeňským na 1000 kop gr. m. za krále postavili, propuštěni byli, anebo jim aspoň další příročí dáno bylo. Dne 10. června žádali podkomořího Buriana Trčku, aby vyslaným jich, kteříž do Prahy k sněmu vypraveni byli, vidimus císařského nařízení, jímž Rakovník od Hrádku Křivoklátu odtržen a k třetímu stavu připojen jest, pod pečetí svou vydati poručil. Listinou z téhož dne přiznávají Rakovničtí, mnoho-li u nich berně vedle svolení sněmovního z rozličných věcí od sv. Václava 1588 až do sv. Jiří 1589 se vybralo. Dne 28. listopadu 1589 oznámili komoře české, že vedle majestátu, kterýmž přijati jsou do stavu třetího, plat komorní na Hrádek Křivoklát odvozují. Dne 24. července nařídil císař, aby Jiřímu Bořitovi z Martinic za prodanou tvrz a ves Lány suma 45.500 kop gr. č. na královském panství Chlumci dskami zemskými ujištěna byla. Současně poručil komisařům, aby spor mezi Domažlickými a Chody v příčině mejtění lesů, platů pařezných i užívání luk a jiných pozemků urovnali. Dne 3. listopadu nařídil stavům kraje Slánského, a tudíž také jiným krajům, aby za příčinou hrozícího nebezpečí od Turků a Tatarů, kteříž do Polska vpád učinili, s počtem koní a pěších lidí svých pohotově byli a v službu vojenskou ven ze země se nezamlouvali. Více položeny do sbírky listiny v příčině svolených sněmem sbírek, takž podán seznam přijmu sbírky zemské v království Českém za r. 1589, nařízení komory české výběrčím o vybírání sbírky z drahého kamení a jiných klenotů od židů Pražských. Mezi jinými uveřejněna také ztížnost Mělnických k císaři do Jiřího st. z Lobkovic, jemuž Mělník r. 1579 zastaven byl, v příčině různých nátisků jim činěných.