Z příkazu ministerstva vnitra vyslal zemský národní výbor v Praze do Vodňan zvláštní vyšetřující komisi k vyšetření stížnostních bodů interpelace a námitek vodňanských voličů proti provedení volby.

Vyšetřující komise ve své zprávě zjišťuje, že "provádění voleb ve Vodňanech neodpovídalo plně požadavkům řádného volebního řízení". Vyšetřující komise zejména vytýká volebnímu řízení, že žádosti tří politických stran o odklad volby, čemuž ani čtvrtá strana neodporovala, nebylo vyhověno, dále že voličské seznamy, které sloužily za podklad pro volbu nebyly vyloženy a že opatření učiněná k zajištění tajnosti volby, nebyla vyhovující.

Kromě těchto důvodů shledalo ministerstva vnitra ze spisů závadu také v nejasných a částečně nesprávných volebních předpisech, vydaných okresním národním výborem v Písku, dále v nedostatečném uveřejnění kandidátních listin, jakož i v tom, že zmíněná volební vyhláška byla uveřejněna jen po dobu 2 dnů, a že doba hlasování trvala jen od 14 do 19 hod.

Z těchto důvodů dalo ministerstvo vnitra dne 10. května 1946 zemskému národnímu výboru v Praze ten pokyn, aby volba místního národního výboru nebyla schválena a aby byla urychleně vypsána nová volba do místního národního výboru ve Vodňanech.

Pro krátkost času však volba do místního národního výboru ve Vodňanech nemohla býti provedena a vypsání nových voleb stalo se mezitím v důsledku rozhodnutí národní fronty o reorganisaci složení národního výboru bezpředmětným.

Místní národní výbor ve Vodňanech bude tudíž obnoven podle připravovaného vládního nařízení o obnově národních výborů.

Provedeným vyšetřováním nebylo zjištěno, že by byl vykonáván nátlak na voliče. O případném zavedení disciplinárního řízení proti osobám, jež shora uvedené neprávnosti volebního řízení zavinily, po případě připustily, rozhodne zemský národní výbor v Praze.